Gyomorrák organoidok
Kapcsolódó linkek
Az összekapcsolt olvasott szekvenálás megoldja a komplex genomiális átrendeződéseket a gyomorrák metasztázisaiban Háttér A genom átrendeződése számos rosszindulatú daganat esetén kritikus onkogén vezetői esemény.
A rák genomiális átrendeződéseinek azonosítása és feloldása azonban még a teljes genom szekvenálásával is kihívást jelent.
Mód Az onkogén genomiális átrendeződések azonosítása és szerkezetük megoldása érdekében a kapcsolt olvasási szekvenciákat elemeztük. Ez a megközelítés egy mikrofluid csepp-technológián alapszik, amelynek célja könyvtárak előállítása egy, nagy molekulatömegű, legalább 50 kb méretű DNS molekulákból.
A szekvenálás után a vonalkódú szekvenciák hosszú távú genomi információt szolgáltatnak, azonosítják az egyes nagy gyomorrák organoidok DNS molekulákat, meghatározzák a genom egymással szomszédos megabázishosszúságú szegmenseiben előforduló genetikai variánsok haplotípus kontextusát és körvonalazzák a komplex átrendeződések gyomorrák organoidok.
A teljes genomok összekapcsolt olvasott szekvenálását alkalmaztuk az azonos egyénnél előforduló szinkron metasztatikus diffúz gyomorrák elemzéséhez. Eredmények A metasztatikus helyek összehasonlításakor elemzésünk összetett szomatikus átrendeződést vonzott maga után, amely a metasztázisos gyomorrák organoidok volt jelen.
Az azonosított komplex átrendeződéssel járó onkogén esemény az ismert rákos meghajtó gén FGFR2 amplifikációjához vezetett.
Sándor és a gyomorrák rák tünetei hasi fájdalom
Az ezen összekapcsolt leolvasott adatok felhasználásával végzett további vizsgálattal az FGFR2 másolat számának megváltozása egy deléció-inverziós motívum volt, amely tandem-másolaton ment keresztül, minden metasztázisban egyedi törési pontokkal. Háromdimenziós organoid szövet modell alkalmazásával funkcionálisan validáltuk az FGFR2 amplifikáció metasztatikus potenciálját gyomorrákban.
Következtetések Vizsgálatunk kimutatja, hogy a kapcsolt olvasási szekvenálás hasznos a rákos áttétek onkogén átrendeződésének jellemzésére. Háttér A genomiális átrendeződések a nagy genomi szegmensek változásai, amelyek néha megabázisokra terjednek ki.
Az átrendeződések szerkezeti változatokból SV állnak, amelyekből több osztály létezik, beleértve a nagy beillesztéseket, nagy deléciókat, inverziókat, duplikációkat és transzlokációkat. A csíravonal SV-k jelentős eltérések forrása a normál genomok között [1], míg a szomatikus SV-k széles gyomorrák organoidok megfigyelhetők sokféle daganat között [2, 3].
A rákgenom szomatikus átrendeződése az onkogenezis fontos mozgatórugói. Például egyes transzlokációk onkogén funkciónövekedést eredményeznek, amely kritikus rákhajtó szerepet és potenciális terápiás célokat szolgálhat.
Keresési eredmények
Az egyik példa a krónikus myelogén leukémia, egy hematológiai malignitás, melyet a 9. Hasonlóképpen, a szilárd szövetekből származó rákok olyan transzlokációkkal is rendelkeznek, amelyek funkcionális jelentőséggel bírnak a neoplasztikus fejlődés elősegítésében [6, 7, 8, 9]. A daganatokban a genomi instabilitás szomatikus átrendeződésekhez vezet. Ezen szomatikus átrendeződések felismerése és jellemzése különösen gyomorrák organoidok a rákgenomok puszta szerkezeti összetettsége miatt [10].
A genomi instabilitás több SV komplex kombinációjához vezethet, amely egyes lokuszok körül aggregálódik [11, 12]. A szomatikus SV azonosításának nehézsége mellett a tumorsejtek ritkán fordulnak elő tiszta sejtpopulációként a szilárd daganatokban, de gyakran összekeverednek a normál sztrómával. Az RNAseq vagy más RNS-alapú molekuláris vizsgálatok használata javítja az átrendezett géntermékek detektálásának érzékenységét nagy kockázatú hpv, 16], de általában nem tárja fel a genomiális DNS-átrendeződések mögöttes szerkezetét.
A rövid szekvenciájú teljes genom szekvenálás WGSjellemzően kevesebb, mint több száz bázis, a jelenleg alkalmazott módszer a rák SV kimutatására [17, 18, 19]. A teljes genom elemzésre rövid szövegekkel hivatkozunk, mint a hagyományos WGS. Ez a megközelítés rendkívül informatívnak bizonyult a rákgenomok jellemzésében a genetikai rendellenességek, például pontmutációk és másolatszám-változások jelenléte szempontjából.
Ez a kérdés a rövid olvasási adatok előállításához szükséges molekuláris készítmény közvetlen eredménye; A nagy molekulatömegű HMW genomi DNS kis molekulatömegű fajokra fragmentálódik, jellemzően 0, 5 kb alatt, és ezeket a rövid fragmentumokat könyvtárak létrehozására használják a szekvenáláshoz.
Új remény a daganatos betegeknek a helminták hatékony kezelése
E genomi összefüggés nélkül jelentősen nehezebb meghatározni a nagyobb, megabázis méretű szegmenseket átfogó szerkezeti változásokat. A hagyományos WGS-ben az SV-észlelés a következő módszerek kombinációján alapszik: i olvasási szám, ii olvasási pár, iii osztásos olvasás vagy hpv impfung nach 18 de novo összeszerelés [18].
A rövid leolvasási szekvenciaadatokat használó SV-hívók teljesítménye jelentősen eltér és a független hitelesítés gyakran szükséges más típusú molekuláris vizsgálatokhoz, például PCR amplikonokhoz, amelyek átlépnek egy új töréspontot. Ezek az SV-detektálási módszerek nagymértékben támaszkodnak a pontos olvasási igazításra - a genom nagyon ismétlődő régióiban - az eltérés a hamis pozitív SV-hívások magas arányához vezet.
- Paraziták a lépre
- szekvenálás - Keresés | eLitMed - Gyomorrák organoidok
- Gyógyítja az emberi papilloma vírust
Ezenkívül a rövid DNS-fragmensekből származó, rövid olvasási szekvenciákkal gyomorrák organoidok nehéz meghatározni a megabázis méretű szegmenseket átfogó átrendeződéseket és rekonstruálni az összetett SV struktúrákat. A régóta olvasott szekvenálási technológiák, mint például a Pacific Bioscience és az Oxford Nanopore szekvenciái, több ezer kilobázis méretű leolvasást generálnak, és így alkalmazást nyertek az SV kimutatására és az összetett SV felbontásra [1].
Kérdések és válaszok: hans clevers - természet
Ezeknek a technológiáknak a költségei azonban bizonyos vizsgálatoknál megfizethetetlenek, és az elért alapminőségek sokkal alacsonyabbak, mint az Illumina szekvenálás, ami olyan komplex minták esetében jelent problémát, ahol frakcionált allélkülönbségek vannak 1. Például a hosszú olvasású szekvenálási technológiák magas költsége általában kizárja azok használatát a WGS-hez, ezért gyomorrák organoidok lehet egy célzott megközelítésre, amely a komplex SV jelöltek előzetes ismeretén alapul.
Karcinogenezis Gyomorrák organoidok Nyomtatás A 3D-s mini-agyak létrehozása az elmúlt években forradalmasította az agyfejlődés és a neurológiai betegségek tanulmányozását. Ma már arra is lehetőség van, hogy az agy különböző területeit imitáló organoidok összekapcsolásával komplex folyamatokat modellezzünk, írja a fúzió egy lehetséges módjáról beszámoló tanulmányában a Cell Stem Cell. Az egy sejtrétegből álló kultúrákhoz gyomorrák organoidok ezek a 3D-s neurális szövetek — agyi organoidok — különleges lehetőséget biztosítanak a neurális fejlődés tanulmányozásához és a neurológiai betegségek modellezéséhez.
Általánosságban az SV fázisa és az SV komplex felbontása a kutatás folyamatos területe. Itt a korábbi megközelítésekkel kapcsolatos kérdések kezelésére jó minőségű szekvenciaadatokat használunk, amelyek ép HMW DNS molekulákból származnak és ép genomi összefüggésben vannak. Egy nemrégiben kifejlesztett könyvtári előállítási technikát alkalmaztunk, amely szekvenciát biztosít az egyes HMW DNS molekulákból, hogy elvégezzük a koncepciók bizonyosságát a metasztatikus gyomordaganatok szomatikus átrendeződésének azonosítására [20].
Ez a technológia a preparatív mikrofluidikán alapszik a cseppek elválasztásának előállításában.
Egy nanogramm DNS bevitelével, amely megközelítőleg genom egyenértékű, a mikrofluidikumok kis mennyiségű bemeneti DNS-t osztanak el több mint egymillió csepppartíción [20].
Minden csepp bárhol három-öt DNS-molekulát tartalmaz, egy gélgyöngy-reagenssel együtt, amely egyedi oligonukleotid vonalkódot tartalmaz, amely azonosítja az egyes cseppeket 2.
Negyedik stádiumú hasnyálmirigy rákkal diagnosztizáltak
A DNS-n és a gélgyöngyön kívül minden csepp tartalmaz enzimatikus reagenseket, amelyek lehetővé teszik a véletlenszerű féreghajtó gyógyszer az emberek számára és a polimeráz amplifikációt. Ez a folyamat a cseppecifikus vonalkódot beépíti a szintetizált DNS-be.
genom - Keresés | eLitMed
A vonalkóddal jelölt DNS-molekulák felszabadulnak a cseppecskékről, majd egy utolsó előkészítő lépésen mennek keresztül, amely teljes könyvtárakat eredményez. Ezt követően a könyvtárakat Illumina rendszerrel szekvenáljuk. Mindegyik páros végű olvasásnak van egy vonalkód azonosítója, amely egy adott cseppecskéhez tartozik.
Így a vonalkódok és a kapcsolt leolvasások közvetlenül tükrözik a specifikus egyes DNS-molekulák azonosságát és számát.
